Efter ni sæsoner hos Herning Blue Fox, hvor han bl.a. vandt fire DM-titler, og som kulminerede med at han blev kåret til årets spiller i Superisligaen 2006-2007, skiftede han i sommeren 2007 til Leksands IF i den næstbedste svenske række, Allsvenskan. Efter en enkelt sæson i Sverige vendte han imidlertid tilbage til Herning Blue Fox, hvor han spillede yderligere tre sæsoner, og med hvem han vandt endnu et DM-guld i 2010-11.
Derefter tilbragte han tre sæsoner (2011-2014) i Deutsche Eishockey Liga hos Hamburg Freezers, inden han igen vendte hjem til barndomsklubben Herning Blue Fox, hvor han i sæsonen 2014-15 blev udnævnt til holdkaptajn.
Daniel Nielsen er ikke draftet af en NHL-klub.