For Viborg HK var Henriette Mikkelsen med til at vinde DM 2006 og Champions League 2006. Til daglig bor hun i Viborg med Mads Møller. Hun er uddannet lærer, men har valgt at skifte karriere og er nu i gang med at uddanne sig til sygeplejeske. Hun fødte den 20. april 2008 datteren Frida og spillede derfor ikke det meste af sæsonen 2007-08, men hun har fra starten af den følgende sæson igen været aktiv for Viborg HK og på landsholdet. Hun indstillede sin karriere i 16. november 2011 efter en pokalkamp mod Randers HK. Hun gjorde kortvarigt comeback for Viborg HK som 34-årig, da klubben 19. november 2014 tabte mod dameligaens tophold, Team Esbjerg. Hun spiller pt. som amatør på Viborg HK's Jyllandsseriehold.